Ingénieur.e d'étude en bio-informatique (H/F)
Description du poste
Contexte du poste : Depuis 2016, le Leres développe des approches analytiques innovantes reposant sur la chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse haute résolution (LC-HRMS) pour mesurer l'exposition humaine aux contaminants chimiques de manière plus compréhensive à partir d'échantillons biologiques. Les données générées sont massives et complexes et nécessitent le développement d'outils bio-informatiques performants. En ce sens, plusieurs outils bio-informatiques (Python) ont déjà été développés (https://github.com/scannotation) ou sont en cours de développement au laboratoire. Le poste proposé s'intègre dans le projet européen « Partenariat européen pour l'évaluation des risques liés aux produits chimiques (#EU_PARC) ». Ce projet majeur comprend 200 partenaires de 28 pays de l'UE : des agences nationales et des organismes de recherche travaillant dans les domaines de l'environnement ou de la santé publique, l'Agence européenne des produits chimiques (ECHA), l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) et l'Agence européenne pour l'environnement (AEE). L'objectif est de développer l'évaluation des risques chimiques de nouvelle génération afin de protéger la santé et l'environnement. Missions proposées : Afin d'améliorer la surveillance des expositions aux substances chimiques via des approches innovantes, l'ingénieur travaillera au Leres sur un projet visant à développer sous l'environnement Galaxy un pipeline/workflow automatisé pour le retraitement des données LC- HRMS. Plus précisément, l'ingénieur aura pour missions : - De coordonner, en interaction avec les partenaires européens, la mise en place des différents outils sous Galaxy afin de développer le workflow de retraitement. En particulier, l'ingénieur s'assurera de l'interopérabilité des différents outils. - De contribuer à implémenter les solutions bio-informatiques développées au Leres au sein d'un workflow dans l'environnement Galaxy. - De retraiter des données LC-HRMS obtenues sur des échantillons biologiques dans le cadre d'un essai collaboratif entre les partenaires et dans un objectif d'annotation/identification des composés chimiques contaminants. Le poste impliquera des interactions et présentations régulières des avancées en anglais au consortium Européen. Compétences recherchées : - Issu(e) d'une formation niveau Master 2 en bio-informatique / informatique (avec première expérience) - Expérience en analyse et traitement des données de type OMICS pour la mise en place de pipelines bio-informatiques (maîtrise des bibliothèques Pandas, Numpy, SQLite, Matplotlib, etc.) - Maitrise des outils de versioning et de conteneurisation : Git et Docker - Connaissance de la plateforme Galaxy ou autres gestionnaires de pipelines (e.g., Snakemake, Conda) - Maîtrise des différents langages de programmation : Python, SQL et Bash. Connaissance du langage XML - Communication et gestion de projet - Anglais requis (niveau B2 minimum) - Autonomie Compétences souhaitées (optionnelles) : - Connaissances en chimie analytique, et plus particulièrement en LC-HRMS appliquée à la métabolomique et/ou la protéomique - Expérience de mise en place d'analyses bio-statistiques pour le traitement de données OMICs - Maîtrise d'algorithmes de machine learning Réponse à l'offre : Merci d'adresser votre candidature (lettre de motivation + CV) au plus tard le 6 juin 2025
🐍 python 🕥 Dernière mise à jour il y a 2 semainesExpérience requise
Débutant accepté
